劳动纠纷 我需要帮助

我是在2009年9月5号进入一家私营化妆品专卖公司工作，不过收取押金是在2009年10月11号的（有发票）！在2010年11月5号因为工作没时间经常出差就以短信的形式给公司发的辞职报告（这个有人证的），公司一直不予理睬到2011年1月24号又叫我从新写的书面辞职报告，告诉我于3个月后离职，经我和他们讨价还价后定于2011年3月16号离职，在工作期间从来没和我谈签订劳动合同和交劳动保险的事，因为是在商场工作，大部分工作时间超过10小时以上而且没有加班费（有人证的），我于2011年3月14号去劳动仲裁院申请劳动仲裁，谁知道得到的答案却是我已经超过了申请的期限，我想知道我是不是真的超过申请的期限了，如果超出了期限我该怎么办，难道就没有办法了吗？我还知道公司还违反了多条劳动法：1收取押金，2员工工作超出每天8小时制，3拖欠员工工资或以各种理由克扣员工工资！那位律师能帮我想想办法，我在这里先谢谢你了
补充提问：
因为辞职报告不知道怎么写！对我的利益可能冲突！内容是：因为个人原因提出辞职！