这种情况，会判贪污吗？

李某原为某企业主管销售的副厂长，与2006年年初退休后，被原单位返聘，做销售工作。2007年，该单位其他人员被举报贪污，区检察院来单位查账，查到李某在退休前曾在单位累计领取3万元，领款单据上有单位最高领导的签字认可，该笔款项实际为销售业务费，即赠与购货单位负责人或经手人的好处费，但当时李某和单位领导商量后为避免对购货单位带去麻烦，向区法院说明是李某的销售提成，检察院则提出，副厂长这个职位级别国家明文规定是不能有提成的，并将其定性为贪污，并以调查问话为由扣留李某24小时，李某为示清白，将事实告知检察院，同时，24小时之后单位党委书记亲自从单位带来3万元现金交到检察院，将人要了出来，后经单位出面和法院协商，该事件以单位不清楚副厂长级别不能拿提成，违规操作，并罚款3万元而终止。本以为此事就此了结，结果检察院竟于2007年年底就此事提起诉讼，该单位出面为李某请了律师辩护，并且，在李某送出这3万的好处费时，也有人证，开庭审判后，检察院撤诉，补充侦查，并与2008年5月将李某叫检察院调查问话，并至此羁押，同时羁押的还有辩护律师以及单位委派的办事员，2009年7月检察院再次起诉，开庭后，无果，直到2009年11月，由于李某身体状况极度恶劣，保外就医，才得以解除羁押，此案至今尚无结果，请问，这种情况一般会怎么判，若判有罪，李某上诉的话，胜诉的可能性又有多大？