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一、可以向边防派出所上级部门投诉或向检察院、纪检部门反映解决；
二、根据《行政诉讼法》第十二条：“人民法院不受理公民、法人或者其他组织对下列事项提起的诉讼：
　　（一）国防、外交等国家行为；
　　（二）行政法规、规章或者行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令；
　　（三）行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定；
　　（四）法律规定由行政机关最终裁决的具体行政行为。
法院不会受理。”的规定，边防派出所所长任免不属于法院管辖。