国土局作出限期搬迁决定书是否正确？

我家于1993年被国土局征用，当时只对每个村民支付了6000元安置费，未对房屋及青苗进行赔偿。1994年，我们编入城镇居民。1998年取得国有土地使用权证，2005年取得房产证。2007年，国土局将我们土地出卖进行商品房开发，2008年国土局出公告对我们原征用地上的青苗及其附着物进行补偿安置，我们不服。2010年4月，国土局作出限期搬迁决定书。我们该这么办？
补充提问：
我们的房屋拆迁补偿安置是政府工作人员和我们协商，如果按照《城市房屋拆迁管理条例》及其规定，该由谁和我们协商？