农村房屋析产

你好，本人是上海农村的一个农民，在2007年时，本人出资利用本人，儿子，婆婆三人的宅基地共计75平米建了两上两下的房屋。待本人房屋建造完毕后，本人的婆婆自说自话前去大队在未经本人与儿子同意与不知情的情况下，私自做了房产证。之后便纠纷不断，本人应在市内打工，数次回去多被锁在围墙门外。本人所建房屋也屡遭破坏。
现打算通过法律的形式明确自我的权益，
请问：
1.根据《房屋登记办法》第十三条 ：“共有房屋，应当由共有人共同申请登记。” 我婆婆私自登记房产证的行为，未得到房屋共有人（本人与儿子）的认可与同意，我婆婆私自做的房产证是否应当认定为无效？
我应当向法院提出房产登记异议还是向房管部门提出房产登记异议？
2.如果我要求法院明确份额时，我有充分的证据证明该房屋是由本人全部出自建造，而75平米宅基地确实三人各占一定的份额。应为不论今后拆迁还是目前房屋本身多是将宅基地与地上附着物分开计算价值的。一般法院在判决个人份额时，是否也遵循这一特点，即地上附着物全由本人出资归本人所有，而宅基地本人30，婆婆30，儿子15原则分配。谢谢。