请问农村房屋的纠纷问题

我母亲有姐弟三人，两个舅舅。外公外婆均已去世，留祖屋一座。1983年，外公外婆在世时，曾将祖屋进行过分配，一分为二分给了两个舅舅，但是此后由于妯娌关系和婆媳关系日益恶化，1987年外公外婆提出让我母亲参与对二老的赡养，并对部分房屋进行了重新分配，我母亲分到了其中两间，分割协议进行了公证。公证时除小舅外，其余权益人均到场确认，当时因为小舅未参加，祖屋的三分之一未进行分配。1988年，小舅听说房屋进行了重新分配，即重新起草了一份维持1983年分房协议的证明，邀请了两位证人，让我外公在证明上签了字（外婆不知情）。1989年，农村集体土地登记工作开始，两位舅舅在我母亲不知情的情况下，凭1983年的分房协议申请了土地证使用权登记，1991年9月取得证件。之后20年来，我母亲和两位舅舅一起承担了二老的赡养义务，直到2009年10月外婆去世。二老均去世后，祖屋一直闲置。2011年4月，两位舅舅因为要重新建房对宅基地的分割起了争执，我母亲才知道自己的权益已被侵犯，于是向法院提起了民事诉讼。但是法院认为，此种情况应该提起行政诉讼。请问法律是否有这方面的明确规定？我母亲的诉讼是否合理、可行？能否得到公正的判决？谢谢！联系电话：13757004383