宅基地买卖

我和亲戚在我们市郊区的一个村庄买了一个宅基地，面积大约200平米，当时买卖时只是我的亲戚和别人拟了一个简单的协议，且协议上的名字没有我。现在房子已经建成，建房的款项20余万是我和亲戚各自出一半，但是现在我的亲戚说办理不了房产证，要办只能办一个，因为前期的买卖手续都是他跑的，所以他和那里的人比较熟悉，说只能办他家的。我心生疑问，怕以后日久天长了这房子都成人家的了，会因房产问题闹矛盾，在这里可否有高人指点一二，如何才能使我现在不受损失友不伤害我们的关系。因为我们的关系很近，不想因这点事情闹得不愉快！问题补充：

一直是碍于面子，期间的工程款一直是我把钱交给他，让他支付的，别人打的收条一直都没有我的名字。像我这种情况，如果发生纠纷我该怎