公司这样做对吗？我该如何拿回我的工资。

我通过公司要求正规离职，公司领导准予离职，离职交接的时候，我问了领导需要做好哪些交接，领导说就和她交接就行了。我也就只和领导做了交接。
但是到了本月发工资的时候，我的工资未予下发，然后我就联系了公司，公司说由于交接时未和下面员工交接清楚，导致公司有了损失，所以暂时不发我工资，说要赔偿公司损失，而我在职的时候这件事情是和公司明确作出过说明的，公司的合作方也发过函件到公司说明了当时他们(合作方)的要求的。
我辞职以后公司后来没处理好这件事情，这个责任需要我来承担吗？我能通过申请劳动仲裁或者其他途径拿回我的工资吗？