法院这么做合法吗？

我家乡是青岛市胶南市。事情是这样的。我的父亲在07年将一醉酒骑摩托车闯红灯的人撞伤致死。胶南市法院裁定我父亲负次要责任（四成），合计约18万。我父亲不服法院判决，上诉到青岛市中级人民法院，在这期间我的父亲和母亲协议离婚。之后，青岛市中级人民法院二审维持原判，我的父亲也没有再上诉。家里只有六万元钱全部给了对方，剩下的到现在还没有还，今年寒假期间法院执行庭通知说要强制扣除我母亲的工资，可是我母亲在法律尚未生效前便于父亲离婚，请问法院这么做合法吗？
补充提问：
但是法律生效却是在二审判决之后，那个时候夫妻二人已经协议离婚了！