合同无效

事情真相
2001年，我村为解决村委办公条件，建了一座1500平方米的办公楼。办公楼建起后，村委没在楼上办一天公就被当时的村委会主任在离任前秘密的卖给了外村人。2010年3月，在村民的巨大压力下，新村委会经调查发现原村委会签订的《土地，楼房转让综合合同》既没召开两委会，也没召开村民代表会，且价格极低，仅为评估价的三分之一。并通过非正常手段取得了该房屋土地的国有土地使用权证（集体土地变为国有土地时没有履行对集体土地进行收储补偿这一程序），且已将该证转到了被告名下。该房至今未有房产证（该房只有土地证和建设用地规划许可证，没有办理施工方面的任何手续，故无法办房产证）。2010年3月，新村委会根据村民代表的要求，认为原村委会主任超越了法律赋予的权利，擅自转让村民的集体所有财产，且价格极低为由，向法院提起诉状，要求：1、原告与被告签订的《土地、楼房转让综合合同无效》2、判决被告返还占用的房屋及土地3、判决被告承担诉讼费用。
开庭答辩：被告以合同超过诉讼时效和土地证已办到名下以及房产证只要我方配合就能办出为由要求法院驳回。我方认为：1、判决合同无效不存在诉讼时效问题，合同未经村民代表大会决议应认定无效。2、房屋买卖应先有房产证后有土地证（合同约定：土地证、房产证由我方办理，对方先交部分款项，待两证办齐后付清全款，目前对方只付了部分款项）。3、该房属于违章建筑，不能买卖。
法院判决：土地证已办到对方名下，并交了部分款项；房产证只要我方配合就能办出，驳回了我方的诉讼请求。
法院的判决有道理吗？