流转地建厂房时被划入基本农田保护

村里有一块20亩左右的地，属于丘陵自然延伸，几十年来都是荒地。八年前划给开发区，但由于某种原因被退还给村里。后村里流转给个人。户主分别把地用围墙圈起来了。中间闲置了6年多。 去年下半年，户主们相约建厂房，到今年六七月份除内部装修外都已完工。几户人家加起来投入约1000多万。 就在完工的时候国土局说这片地在今年1月被划入了基本农田保护，让等候处理（意思说可能要拆除）。被划入基本农田保护的事情，村里，镇里，街道等都不知情。 请问律师们，这个在法律上改如何处理。

动工在先，划入基本农田保护在后，建的时候未报国土局批准，能否申请行政复议置换基本农田指标。