工程造价款能否依据资产评估所所做的市场价值款来认定

我单位与甲个人之间的建筑工程施工合同纠纷。事情起因是2009年11月初，我单位将供暖管道保温工程承包给甲个人，其中包括325、219等型号的管道。在甲承包后，因进不到岩棉、铁皮等材料，所以工程进度非常缓慢。在中旬开始供暖时，甲也只完成了其中的一小部分，造成我单位每天数万元的损失，后因其感觉会亏损，所以在12月初未通知我单位的情况下自己擅自撤离工地。并依据购买岩棉、铁皮的收据向我方主张工程款。起诉后，法院在开庭之前没有通知我单位选取鉴定机构的情况下给我单位下了通知，通知内容就是甲不同意与我们协商确定鉴定机构，法院委托丙资产评估所作鉴定，要我单位什么时间到现场进行勘验鉴定的通知，因考虑其委托程序违法，我们就没有到现场。鉴定部门就依据甲个人的丈量作了管道保温工程市场价值的鉴定。后在开庭时，我单位强调委托程序违法和资产评估所没有资质进行工程造价鉴定。后法院又到现场进行了勘验测量，第一次勘验我单位与甲个人进行了工程丈量并确认，第二次勘验甲与法院又对第一次测量数据之外进行了测量。我单位在场，但未确认。勘验后法院委托丁资产评估所进行管道保温工程每米市场价值进行鉴定，这次与第一次一样，在我们不知道甲申请鉴定的情况下，法院又直接通知我们到现场进行鉴定勘验。这次我们到了现场，鉴定部门只到现场看了看管道，对岩棉和铁皮未进行任何丈量。后丁资产评估所出具评估报告，每米的市场价值比丙资产评估所高出90多元钱。我现在想咨询一下，在这个案子中法院是否存在不按法律规定程序委托鉴定的现象，他委托的两次鉴定可不可以作为定案的依据，法院做第二次鉴定显然已否认了第一次鉴定，如第一次不能采纳。第二次是否能作为定案依据，法院现场勘验的笔录没有我单位确认能否作为甲个人工程量的依据？