有关农村房屋，屋基的问题。

我家的房子是跟我舅舅打伙修的，但是地基是他家的，房子不是一次性修好的。分了三次修，97年修了一边我家多出了5000元买他一半的地基。2004年建的另一边打伙的，2011年建第二成是各修的各的。但楼梯是共用的，我们两家在一个组。现在两家闹矛盾请问该怎么办?我们今年只是写了一张简单的地基买卖协议书。协议书是这样写的。甲方将位于某某镇某某乡某某组靠某某房旁边95平方米的地基卖给乙方5000正一次性付清。双方都签字了请问这个协议有效吗？现在农村不办房产证我家该怎么办?