关于土地性质的法律问题

我爸爸去年夏天在我们市郊区承包了6亩某个村的耕地（不是基本农田）准备开个小厂，用了两个多月的时间把周围建起院墙、建了两栋厂房、还建了5间平房，就准备搬进去的时候，突然听说国家政策下来了，说这是违法的，说只能从事与农业有关的生产，从事其他的都是违法的，没办法于是我爸找了个养牛的在我们新建的厂房里养了30多头牛以应付检查。
2011年7月份的时候这块地的性质由农业用地转变为工业用地了，我们市里的规划局也来人测量过了，说我们旁边是一条路。我爸现在就和附近的几家一起想先办个集体土地使用证再办国有土地使用证，这样行得通吗？