未交付已入住，现屋面塌陷、漏雨，我该怎么办

律师您好：
我于2007年12月贷款购买的住房，合同约定08年4月30日交付。虽然开发商发函通知交付，因存在不符合交付的条件，我们并没有签字。开发商告诉我们可以先装修，等手续好了再交付（大部分业主都是这样）。我于08年10月入住。在2009年10月，因开发商打压造成隔壁未交付的房屋地下管道破裂，将我家客厅地面冲空（回填未达标），造成大面积下陷。开发商于出事当晚安排我一家入住酒店（并承担费用）。此后一直协商。开发商也于2010年5月同意退房并安排工程人员到我家测量数据。可是现在开发商忽然不再见面，拒绝商谈。我们又发现，此工程一直没有《房屋质量合格证明》。我开始担心，如果开发商手续不全，我们是不是连房产证也不能办理啊？请律师帮忙解决。
而且，我现在一直还贷，如果此房不能办理房产证，我可不可以停止还贷，要不然，我的损失会越来越大的。
补充提问：
还有就是，如果现在提起诉讼，是否已经过了诉讼时效了？请各位尽快解答。这关系到我一家人的生活生存问题。谢谢了！