另行诉讼与诉讼时效的问题

1，一审和二审法院判的是：【原告被告各占50的责任】程某要求赔偿继续治疗的费用，因不能确定，可在治疗结束后，另行起诉。 请问另行起诉有没有时间限制，还是说只要继续治疗后，就能起诉被告？ 现在就是担心诉讼时效的问题上诉至法院，法院不受理！

2，调解协议书：【协议在前诉讼在后】程某今后继续治疗按县医院有关规定处理。这句怎么理解？比如说能不能要求医院给程某免费治疗什么的。

3，协议和判决书有没有冲突？【反正法院也没撤消协议书】

其它信息：原告程某（50）被告县医院（25）和县电力公司（25）
程某后期治疗主要有左手手指和手腕，眼睛白内障手术等。
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