农村宅基地 旧村改造 一宅两院

我家于1993年购买了本村村民的一处宅基地房屋，该房屋系卖方一宅两院分割而成，我们购买的前半部分，卖方自住后半部分。当时也没有到相应的部门办理有关手续，只是由当时的村干部在协议书上签字证明（该人也已去世）。今年我们村进行旧村改造，村里以我家没有宅基地为名拒不赔偿。却将我家购买的前院的面积算在了卖方身上。请问，如果我到法院上诉能否打赢官司，要求村里进行赔偿。（我们的户口也一直在该村，是该村的老户，也只有购买的这一处房屋居住，无其他宅基地房屋。）
补充提问：
但是我的协议因为时间久远，字迹已经看不清楚，也有被老鼠咬过的痕迹，怎么办？（全村人都知道我是买的人家的房子。）