正常卖软件给公司，协议帐款作为入资，合法吗？

我卖了一套进销存软件给公司，协议约定款项作为入资，有协议，有软件使用成功上线的验收报告，也一直在使用，公司虽然在股东名册（认缴）登记了我的名字，但是公司没有给我入资证明，我能够用软件购买协议里面的入资认定条款以及软件上线验收报告来作为我完成认缴入资义务的证明吗？

我是乙方，提供软件集成服务给甲方(公司)。
协议中的特约条款：
(一) 甲方同意乙方以本合同价款入资成为甲方股东，乙方交付软件时即视为已履行认缴入资行为，且乙方不再另行向甲方收取费用。