公司诬告我职务侵占四万元

我是一名会计，在08年12月份的时候，对方一外协单位的副总到我公司说是要先拿四万块钱的加工费回去发工资，当时是对方副总打了一张借条，并没有盖对方单位的公章。那人当天只打了一张借条并没有取钱走，第第三天老板让我开张支票，说对方单位的另一名生产副总来拿那四万块钱，我当时开了一张四万元的现金支票并让老板盖了章，取回钱来是当着老板的面给那人的，可那人拿了钱并没有交到他们公司，在今年三月份的时候拿钱的人也离开了他们公司。当时老板让我找借钱的借条，我没找到，借条被我弄丢了，老板当时让我写了一张过失报告，也没说什么。我以为这事就过去了。在今年的4月份我提出辞职，老板不肯批，交了辞职报告一个月我就没去公司了，可以是为这事老板怀恨在心，现在老板说那四万块钱是我拿走了，要告我职务侵占。

当时钱是当着老板的面给那人的，老板现在不承认了。而且借条也丢了，我真的是说不清了，请问我是否要坐牢。

老板上周打电话给我说诉讼书已写好了。马上要告我了，请问我该怎么办，法院会不会判我坐牢？