因民事纠纷交了5000元扣押金，派出所这样做合理吗？

根据你反映的情况，你的父亲遇事也不理智，与女性争夺小铁簸箕，并将女性致伤，经鉴定为轻微伤。你父亲的行为可能会被处以拘留，并处或者单处罚款。
依据《治安管理处罚法》第四十三条规定：“殴打他人的，或者故意伤害他人身体的，处五日以上十日以下拘留，并处二百元以上五百元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款”。
第八十三条：“对违反治安管理行为人，公安机关传唤后应当及时询问查证，询问查证的时间不得超过八小时；情况复杂，依照本法规定可能适用行政拘留处罚的，询问查证的时间不得超过二十四小时”。
第一百零七条：“被处罚人不服行政拘留处罚决定，申请行政复议、提起行政诉讼的，可以向公安机关提出暂缓执行行政拘留的申请。公安机关认为暂缓执行行政拘留不致发生社会危险的，由被处罚人或者其近亲属提出符合本法第一百零八条规定条件的担保人，或者按每日行政拘留二百元的标准交纳保证金，行政拘留的处罚决定暂缓执行”。
但是派出所要求你们缴纳5000元押金（或者保证金）的做法不合法。即使按按十日拘留、伍佰元罚款，保证金最高也只能按2500元交纳，派出所让你们交纳5000元押金的做法是错误的。你们可以向派出所的上级领导反映，纠正派出所的错误做法。
祝你的问题能够早日得到解决！