医疗期满补偿应如何操作

《劳动合同法》第四十条规定，有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
劳动部关于印发《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的通知（劳部发[1994]481号）规定，劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。
这两个规定看似矛盾，应该如何操作，何时才需支付不低于六个月的医疗补助费？？