违约金还要支付吗？

您好！我已经向公司提出辞呈。
公司规定是25号支付工资，但是已经拖欠了大半个月，还没有到账。我们公司的工资支付是通过派遣公司的，应该是公司还没有把钱打到派遣公司的帐上，所以没有支付。
我来公司的时候，因为接受过公司的培训，签了必须工作2年的补充工作协议，如果未满2年就离职，就必须支付违约金。现在我提出辞呈，还不满两年。在现在这种拖欠工资的状况下，这笔违约金还要支付吗？
补充提问：
但是我的合同里面并没有写明什么时候发工资。只有公司的一本员工手册上写25号发工资。这个员工手册只是服务器上的pdf文件，不知道是不是具有法律效应。