非农户口农村建房后，如何办宅基地使用证和房产证？

2000年后我朋友一家陆续全部从农村户口迁移为城镇户口，但一辈子都居住在农村老房子，在外面（城镇）也无房产，2015年农村村中心改造建设新农村，祖上老房子被拆了，同时村里照顾给他家补偿一块地基给建新房子，买地钱也交给村里，同时老房子的土地证被收了上去，而且了解到审批建房的时候村里和镇上干部都是瞒着上面私下给建的，建房审批程序没有办。15年房子建成装修好。
所以想问下，1，全家都不是非农户口，2，镇干部说建房审批程序是没有的。以上2点比较特殊，请问是否可以申请农村房产证和宅基地使用权证？
补充提问：
农村里比较乱的，没有。现在暂不会拆迁，但也说不准