房产分割

我与妻弟（我夫人的弟弟）一起合作建房，他第一层（建房子的钱为我岳父出的，他还未结婚），我第二层及以上楼层（钱是我出的，原来有借岳父的，现已还清）。
因我工作在广东，而我岳父又不懂法，未告知我和我夫人就将土地证及房产证用了他儿子（我妻弟）的名字，后来，虽有协议注明各楼层房产归属(有我跟我夫人、岳父、妻弟及岳父家其它亲属签字证明，未去公证处公证）。
因还是怕N年后出现房产纠纷，伤害亲属感情，所以咨询律师，怎样才能实现法律意义上的分割？是那份协议公证即可？还是应该多办一张房产证、土地证？怎样操作较好？请赐与我法律答案为谢。