辞职后公司要求赔偿

我在一家体检中心上班，职位是维修工程师。每天上班时间是上午7.30~12.00公司要求一周上六天班，由于公司业务不多故只上五天，公司就让我们签了张单子，说是以后要补上。
今年过年前，由于公司没有业务，故从过年前连个星期就开始放假，也就是我们加上过年一共放了3周的假。
今年的3月底，我找到了份新的工作，由于新公司要求我尽快上班，我3.29号提出辞职，四月份就直接去新公司上班了。因为合同要求辞职需要提前1个月通知，我提出辞职后马上离职了，所以公司说扣发我3月份的工资，我接受了。
但四月份我要去拿劳动手册和退工单的时候，被告知要另外让我赔偿3000+的钱，原因是我欠公司的工时（就是平时积下的+过年那段时间的放假）
我想咨询一下公司这一做法是否合法？我是否一定要做出这3000+赔偿？公司还说如果不快点赔钱，要去告我。