我在烘焙店干了快两年

作为员工，合法的离职应当提前一个月办理书面解除合同通知书，法律这样规定的目的是给用工单位一定的时间去招工，代替您的工作岗位。您的突然离职可能会导致单位的正常工作受到影响，劳动者在劳动关系存续期间不通知用人单位而擅自单方解除劳动合同，给用人单位造成损失，用人单位可以要求劳动者赔偿直接经济损失。
但是虽然您没有提前通知，单位也不能以此为理由直接扣发您的提成和款员培训费。
您可以申请劳动仲裁要求单位支付款员培训费和一个月的提成。但是您也要认真考虑，单位可能存在的要求您赔偿损失。