有关怀孕请假期间的医保社保问题

您好，我是一名福建省福州市私营企业的女职员，公司给我们办的是福州市医保。因为是计划怀孕所以怀孕二十多天就测出来了。由于2010年07月23日星期五出差过于劳累，第二天私处有褐色分泌物，当天至医院检查，医生说我是先兆流产得卧床休息，于是我向公司说明缘由并提出请假，公司同意我请假，领导还给我的两张假条签字（2010年7月26日至2011年2月1日病假，2011年2月9日至2011年05月09日产假），2011年05月20日我到公司递辞呈，领导同意并给予签字。这一切都很顺利彼此没有发生任何冲突，但一周左右之后，公司突然来电话，说领导要求将我请假期间公司给我交的医保社保一共两千多元补还给公司。但是当时领导给我签请假条和辞职信的时候都没有提及过呀，请问该公司的做法合法吗？是否侵害了我的合法权益呢？我又该如何应对呢？麻烦了……拜托！
补充提问：
请问，我这个请假期间能够得到哪些合法权益呢？比如说基本工资什么的。