结婚证办理问题

我的户口在四川，我男朋友大学毕业后户口签到福建漳平，为集体户口。现在他在福州上班。但是奇怪的是，我男朋友当初读大学的时候户口签到学校后，他原籍的户口没有下掉，也就是说他现在相当于有两个户口。我们现在想办理结婚证，应该在哪办理？要些什么手续，他现在两个户口这种情况，对于我们结婚有没有影响，特别是对于我们以后的法律关系效应有障碍没，如果我们按他现在是集体户口办理结婚证的话，以后孩子上户应该上到哪里？