不合理的赔偿

我是上海鸿星尔克体育用品有限公司的一员员工，我是一家鸿星尔克店店长，在我任期一段时间后，我们公司就是每个月对每个门店进行系统盘点，我就按照公司的规定把门店的所有货物盘点清楚了，然后入系统，经公司的盘点差异比较，我们店失货44件，这要赔偿起来可是一笔不小的数字啊，所有我就想把这件事情弄清楚，因为我平时都在店里每天进行大概的盘点，也觉得失货没有这么多，然后我进公司，问了一下，我们督导就给了我几张我们门店的盘点差异单，在数量的那栏了 标记了+和- 。+代表是我们门店的货是比公司系统那一款货多，-代表我门店的那一款货比公司系统的少，公司就对我说，你们多的货是全部没收的，少的货是让你们自己赔偿的，就这样才得出结论44件。我就感觉这样不合理，哪有这种道理多的就没收，少的就让我们自己赔偿。所以我想在这问一下，这样的赔偿制度合理吗？