为何我与亲生儿子成了非亲属，我又该如何找回合法母子关系？

今年儿子出生，就及时到派出所为儿子上了户口。可是上户口时却遇到了一个既让人觉得荒唐不已，啼笑皆非，又让人气晕了的问题，做为孩子的亲生母亲为孩子上户口，既有孩子出生证明，又有单位证明，竟然只能在户口本上填写非亲属关系，问为什么，说是我上的是集体户口，孩子的户口跟我落一起，只能填写非亲属关系，而且还说这样为孩子上户口，孩子没有继承权。 我上的是单位的 集体户口，可我有独立的户口本，而且户主是我，怎么我亲生的儿子一上户口连个亲属都不是了，郁闷！当时是公公去办的，因为到月底不为孩子上户口会比较麻烦，而且问了同事也有先例，也就无可奈何的以非亲属关系上了亲生儿子的户口。 我总觉得这样很不妥当，不仅从情感上觉得不舒服，而且以后为孩子办理某些手续，可能会受影响，那时再处理可能误事了。 请问我现在该怎么做，才能为孩子上一个和我是母子关系的户口呢？ 谢谢！
补充提问：
这帮糊涂虫认为只能这么上户口，我单位几个孩子不到2周的同事都是这样为孩子上的户口。我问了几个孩子大些的同事，却上的母子关系或母女关系。不知道，是不是因为最近办户口的是不是脑子坏掉了，硬不给改。