求助！网上签约就业协议书违约金问题

我在今年5月份跟公司在网上签约了一份就业协议，6月报道，6，7月在单位工作，现在要签合同，但合同中要求三年期，一万违约金，我觉得不妥，所以向单位提出辞职，但单位根据协议书中补充条款“1.毕业生毕业时必须取得学生毕业证书及学位证书2.毕业生毕业时进入用人单位时统一体检，若体检不合格，用人单位把派遣手续返回学校3.若毕业生未按本协议到用人单位工作，需缴纳违约金三千元整。”中的第三条要求我叫三千违约金。网上说协议书报道后就没有法律效力了，违约金要交吗？ 单位态度很硬，如果不交该怎么办？
补充提问：
如果不理会公司直接走人，公司不给开解约信，到新单位可签约吗？公司扣档案怎么办？