协议有效、无效？

我父亲王某两年前与别人签订了一个协议，我父亲王某是本村人，71年在爷爷老宅基后节空院上建房并居住，80年村里另给父亲批宅基地一付，父亲随后盖房并居住。82年，普查宅基时，由于我年龄不到，父亲将盖在爷爷后空院上的房屋所占土地补登成爷爷的大哥的名字的宅基。爷爷的大哥早在58年迁出本省，他的儿女一家都是外省城镇户口且未回来过，爷爷的大哥已于十几年前去世，之后宅基地被冲路冲了（房屋系父亲所盖），规划至路边，我已到年龄，镇政府土地部门批给我建房，上面的房是我所盖并全家三口居住至今，我在10年前盖房时有镇政府所发建筑许可证（我自出生至今都在村上住，但是批给我建房时我是本镇城镇户口，后来户籍迁到本村，老婆孩子是村里农业户口），土地使用证发下来还是爷爷大哥的名字。（土地部门说县上土地冻结了，暂时没法换土地证上的名字，后来我们没再问，据我们托人了解十年以来都冻结着）两年前爷爷的大哥的儿子回来说我父亲（因为父亲帮我建房）占了他的宅基，胡搅蛮缠多日父亲无奈与爷爷的大哥的儿子签下协议。协议内容如下：通过协商，在处理父亲与爷爷的大哥两个宅基的基础上达成共识。
我父亲宅基上的一套房归爷爷大哥的儿子所有，爷爷的大哥的宅基地上的两套房归我父亲所有（是我的建筑手续，父亲帮我所建），爷爷的大哥的宅基地归我父亲所有。签名是我父亲和爷爷大哥的儿子。
由于我父亲不给他房，爷爷的大哥的儿子现在拿着协议已把我父亲告上法庭，请问这样的协议有效吗 ？补充：我父亲宅基地上有两套房。签协议时背着我妈签的。我们儿女也不知情。
情况比较复杂，请各位律师详细看过后给与答复！不胜感激！