三方协议及劳动合同有效期，违约金问题。

我是2012年的应届生，因为还没有拿到毕业证，所以6月8日开始工作，只能算是实习，但是实习期到7月31日。公司方面说只要毕业证一到就可以签订劳动合同。在6月8日入职时向公司提交了三方协议，并在我不知情的情况下在三方协议备注一栏写下：1.第一次合同期为三年，其中试用期为半年（此项之前有说过）2.甲乙双方违反协议要交违约金3600 。 我想问一下，如果我实习期期间觉得公司不适合想要离开，但是又不想干到7月31日，我可不可以在毕业证来以后先签劳动合同，然后在试用期期间提出不干了。。。这样算不算违约？要交违约金吗？然后我要是不干了，还需要到学校换取三方协议吗？是不是三方协议在签订了正式的劳动合同以后就自动失效了？