合同类法律咨询

律师您好！
我想咨询您一下有关问题如下：
因我们房屋南侧单位盖房当初甲单位与我签订了协议（签协议之前，一直是甲单位与我们商讨），限制其房屋高度（盖房手续不全），由于甲单位房屋高度超出约定高度很多属于违约，我们将其告到法院，但甲单位当庭举证该超高房屋房产是乙单位的与其无关系，强调诉讼主体不明确。实际上明摆着甲单位是总公司，乙单位是子公司，可他们又都是独立法人单位。但与我们的协议是乙单位法定代表人签的字，甲单位盖的公章，而且乙单位法定代表人又是甲单位的大股东。我们的财产和权益受到侵害，这是我们该咋办？请律师能给我们一个满意的答案。我们非常感谢！！！
沈阳居民