法定假日要怎么休

我们公司是周六日上班的 平时可以有两天休 我们单位原来放法定假日时 比如元旦调休的三天 我们原来也跟着放三天 只是别人周六补班时 我们是正常上班的 所以 我们会扣掉一天的工资 但是新来的一个领导 让我们按法定假日只休一天 另外两天不调休 ，正常上班，这样做也没有提前跟我们说明，是不是有些不合理。
而且，在我签订劳动合同时，也是说国家休我们就休，现在又说人家能调休，我们不能，是不是违背了我的劳动合同。
我现在想知道 公司这样做 是不是不可以的 让我签署一份劳动合同 但是上半年是按着一个制度休息的 下半年新换了一个领导 又让我们按着他指定的制度去休息 而且提前没有告知我们 是不是不合理了 我要投诉 应该走哪些法律程序呢并且想知道，公司哪些事情已经是属于违法的了 万分感谢
补充提问：
比如元旦实际国家的法定节假日就是一天 只不过是调休两天 所以是三天假 我们单位周六日本来就是上班的 所以没法进行调休 我们原来就是不进行调休的 但是会扣掉一天补班的工资 现在公司让我们元旦当天是休息的 但是另外调休的两天让我们继续上班 另外调休两天上班 也需要支付加班的工资吗