农村补办房产证

我家是97年申请的宅基地使用权批复准许了，当时有我爷爷的建房面积，当年我爷爷由于生病就去世了，当时建房的时候是镇上土地管理所的人来放地的（就是放建房框架的基准线，就是说当时这个使用面积是镇上的土地管理所承认的，也有批复），我家建完房子之后农村大队没有给我们办理什么房产证土地使用证，由于父母文化水平低也不懂这些，一直到去年还是前年队里开始叫补办，由于建房面积中有我爷爷的份所以兄弟几个还去公证了，现在突然镇上土地管理的说我家这个房产证办不下来，要去掉我爷爷的建房面积，请问这个合理吗？