关于解除劳动合同咨询

您好，我想向你们咨询一下关于法律的问题：
事情是这样的，我于2009年毕业，毕业之后就业于中铁二局一公司，签订了劳动合同，时间是到2012年12月份。我进入公司后一直在项目上工作，但是，由于个人原因不想再跑项目，于2011年3月底向项目递交了辞职书，项目同意了，并且项目上的总工在我的辞职信上签了字，项目办公室也盖了章的，让我去总公司那边办理解除合同手续。因为当时自己的事情蛮急，所以没有去总公司那边办理离职手续，并且一直拖到了现在，也就是2012年10月份。前几天中铁一公司那边通知我，让我去办理离职手续，但是，公司那边说，由于当时我没有去总公司那边办理离职手续，所以他们不知道我已经辞职，公司照常给我缴纳了社会保险以及住房公积金，总共20000多块钱（是从2011年1月到2012年1月），期间我2011年1月到3月是在上班的，并且项目上已经从我们工资里扣除了社保和公积金，只是项目和公司的原因没有及时办理，导致公司没有接到项目已经扣除的通知，公司把个人和单位部分都已经缴纳，然后现在个人的得自己交，然后去项目那边退回原来所扣除的钱。所以在和公司说明情况之后扣除了有单位缴纳的那部分社保和公积金，但是个人的部分还得自己交，并且让我自己去项目上清算2011年1到3月的个人缴纳的社保1000多块钱。但是现在我去项目上算的时候，他们告诉我，由,2011年中旬下了个通知，说是要从工资里面退一部分2011年的加班工资，我们每个月都有加班工资，不知道什么原因，说是加班工资发多了，需要退回一部分。其实我们每个星期都没有周末，都在上班的，而且文件是在我向项目上辞职之后才下发的，我根本不知道这件事情，现在给我清算着3个月的社保，项目那边就说拿来扣加班工资了，不仅没钱，我倒是倒欠他们1000多块。
所以我现在想咨询一下，我的20000多的社保该不该缴纳，公司的说法和程序有没有不妥的地方；还有我的那部分在项目上的1000多块钱他们该不该给我，他们有没有权利用来抵扣加班工资，我该怎么做？