买了单位办公楼上的住房，现对方只有整楼房产证，我该怎么办？

我购买了某单位办公楼上的住房，现对方只有整楼房产证，我该怎么办？
2011年一单位建造办公楼，共五层，一、二层为自己单位办公用房，三、四、五层为住房，单位当时以借款无力偿还，将房屋使用权抵押给我，实为出售，有借款抵押协议，可转让和出租，协议到期后再协商解决。开的盖有单位公章的收据，当时该单位称以后给办理手续，现我们找单位要手续，单位称手续办不下来了，请问我现要转让，对方要求办理产权，该如何？以后该怎么办？
补充提问：
房屋使用权50年，抵押给我49年，如遇拆迁，我如何保护我的权益？该借款抵押协议是否等同于房屋买卖合同？