请问!学校和用人单位有权利协商扣留学生毕业证吗?

我们是第三年第二学期为实习期，而我在第三年第一个学期就提前出来下厂实习，但由于时间问题无法完成毕业设计要回到学校重新学习，所以向厂里递交辞职信，但厂里给我的答复就是“把已经拿到的工资全部退回来，不然就和学校协商扣掉我的毕业证”。他要求补偿的理由就是我顶着他的岗位做事拿到了薪酬，而我走了之后岗位空缺对他企业所造成损失的补偿，但由于我还是学徒实习期并没有任何单独岗位，且是跟着师傅的岗位学习所做一切工时全部由师傅所得徒弟不拿一分，徒弟所得工资就是固定跟学校就业介绍上的一样，可以说是我在和不在对他不能造成任何损失。
他意思就是不退还以前所得薪酬就不放学生返校。
并且在校期间没有补考挂科和拖欠学费，实习期间没有违反任何规定。
我们没有任何的合同和契约，只是简单的学生下厂带薪实习。
在这样的情况下企业有权利和学校协商扣留学生毕业证作为惩罚吗？