否认其未交款项的事实

你好！我是一名公司出纳，我公司有一些店铺出租，每年需向乙方收取一定保证金，以确保对方不能单方改变原店铺基本结构。有一乙方几年未交此款项，在我方员工几次催促后，同意交款，因此他来我处交款时，我以为他会交上，便将收款凭据开好给他，他看后以资金不足为由，说先交其他款项，便把另外一款项资金交予我，我便为其清点资金并将此项收款凭证给他，此后他便离开，并将保证金收据一起拿走，当我发现时，我立即在此收据其它两联写作废，想找时间追回收据，但去他处为找见其人，后因工作忙碌而忘却。现今此人以有收据为由，否认其未交款项的事实。我希望法律专业人士能帮我出主意，解决此事。非常感谢！
补充提问：
收据在对方手中，起诉在法律上是否对我不利？