孕妇做错事，单位扣住工资不发，合法吗

我老婆现在是孕妇，她是做行政的，但是他们单位让她做了会计或者财务的活，让她报统计，而统计的数据又要从会计那里拿的，上报后统计局来他们单位调查，发现了一系列问题，然后要罚款，她老总让她自己辞职，在这里咨询了后各位律师都说是单位违法的，多谢各位律师！

但是现在新的问题又出现了，他们扣住了我老婆的工资不发，说事情没处理，这个合法的吗。

还有上个月我老婆单位有个孕妇提出来说撤销社保，还写了申请书，那我老婆就去给撤销了，谁知道现在又来说怎么给撤销了，然后单位又怪我老婆身上，现在两个事情一起都说是我老婆的责任，像这样我能不能申请劳动仲裁，那个孕妇写的申请书有没有法律效应呢？