关于分居期间的买房问题

三月前发现我爱人有外遇，所以我决定和他离婚，因为证据不足法院没有判离，我们进入分居状态。
现在分居半年（我离开家住在我父母的房子里），现单位集体组织买房（比市价每平方便宜几百），因考虑到离婚后我的住房问题，我父亲决定帮我买下此房。（我手头基本没钱）
但由于单位的原因，房产证要几年后才能办下来，而且只能是我的名字。
关于这种情况会出现什么问题？半年后我再起诉离婚，分不分面临这套房产的分割问题？
分居期间的购房如何处理？
我如果找我父亲借钱40万买房，离婚时房屋市价60万的话，债务和房产他各占一半，也就是说他得30万，还我父亲20万，不是白得10万吗？这样太不公平了！
请问有什么方法避免这类问题！谢谢！