如何解决房屋面积纠纷问题

1。私人建房屋檐要算建筑面积吗？如果算，应该是算全面积还是半面积？
2。二楼挑出去的部分已经算了全面积，承包商说：挑出去的部分一楼还要算半面积，这样合理吗？
3。因建的房屋有部分违章，承包商总是拿这个威胁我，要举报，让城管来把违章的部分拆除，面对这种建筑面积纠纷，我该如何解决，以结清尾款？
补充提问：
私人建房有些鉴定为危房后，是可以允许建的，我的就是允许建的，只是增加了违章部分而已。那我应该怎样解决以上问题呢？只能任人宰割吗？