企业出具证明问题

律师您好：
我库房有一个客户由于不支付车辆延迟费用问题，司机将从我库提走的货物拉跑，于是该客户将物流公司告上法庭，该客户自己出具了一份证明，内容为某年某月某日，由该物流公司指派这几辆车从我库提走的该客户的多少吨货物，我库在认为只是证明提走多少吨货的情况下，盖了章。但最近该物流公司的代表律师来我公司，说明我们并不能证明是该物流公司指派这几辆车提的货，而且这几辆车不是该物流公司的车，是该物流公司联系的私人车辆，这几辆车的司机也已将该客户告上法庭（车辆延迟费用问题），所以要求我公司在出具一份证明，证明我公司之前出具的证明是该客户书写的，而且不能证明是该物流公司指派的这几辆车，我公司与该物流公司没有业务往来，我公司鉴于情况，出具了证明。
我想问律师，在这种情况下，不会对我公司有什么影响和麻烦吧，盼望您尽快回复！
补充提问：
律师你好：
我公司第二次给物流公司出具的证明是真实情况，我公司不能确定是该物流公司指派这几辆车提的货，只能证明这几辆车在我库曾经提走过该客户的货，因为我公司发货是按该客户发给我们的提货传真（上有该客户的有效章和签字），是按照提货单上的车号发的货，是不是就没什么问题了，因为我们是按真实情况出具的证明，请尽快答复！