应届毕业生在试用期内辞职赔偿公司招聘损失费到底合不合法？

您好！我是2009届大学本科毕业生，在学校双选会上本人与一家大型国有企业签订了就业协议书，并于今年七月份到单位报道工作，于7月14日与公司签订了10年劳动合同，并且规定三个月试用期以及九个月见习期，总计一年后转正。我在公司工作了两个月，于09年9月09日提交辞职报告，并于9月14日正式离开岗位。但是在回公司总部办理相关手续过程中，公司以人才招聘损失为由向我们个人收取3000元的招聘损失费，如不缴纳这笔损失费用公司则不予办理各项关系转移手续，并且不开离职证明。这对我们重新择业造成很大影响。
在这里，我请教各位专业人士，公司这么做到底合不合法，能不能收取这么高额的损失费用。谢谢！！
补充提问：
现在劳动合同都在公司手上，公司以很强硬的口气要收取我的损失费，如果我不交纳这笔费用的话我就不能顺利的办理手续。这样的话即使公司让我离开也不会给我开离职证明，如果申请仲裁还需要不少时间，公司也不一定配合，我该怎么办呢？如果我离开后没有拿到离职证明，我能不能单方面将档案从公司调到人才交流中心等相关部门暂留？
请教各位专业人士，给我指点一下。谢谢！