关于加班费及赔偿金的问题

我在公司工作6年了，2005.3——至今本人从事物流工作，上班时间公司规定是早8.30——晚5.30但是每天情况都不一样，没法正常时间下班，特别是前三年加班几乎是天天加。一直没有给加班费，且前三年上班没有打卡，后来有离职的同事投诉到劳动局才开始打卡，公司要求如果要加班要电话申请，每天5点钟报数回库情况。刚开始实行了几天，后来报数无法正点回公司，公司也不给当加班处理，加班申请表我们是拿不到的，需要上司给才可以，而且还要写报告。
我们合同约定是标准工时制，这种情况根本没办法做到啊，公司几百人一直就这样被公司牵着鼻子走。无法维护自身权益！
希望可以得到指导，不再被侵害！！
以前有离职的同事要求返还加班费，到劳动仲裁。由于没有打卡，要公司举证，公司让在职员工做伪证。无所不用其极啊！（公司为外资企业）
补充提问：
公司还经常扣钱，不透明的，只有你觉得工资少了，要细查才知道，是有一个领导评价几年来不知道被扣了多少了，上个月我一再要求看提成的明细才知道被扣了200元
以这种情况我离职可以要求加班费及赔偿金吗？
（每月工资单要先签名才能看到发了多少钱，不签不给本人。拿不到工资单也没办法算发的工资对还是不对。）