农村房屋拆迁赔偿

我亲戚家在重庆农村有一栋两层楼的砖房，两年前在原来两层楼的基础上加建了一层楼，现在城市规划，有关部门征地就要进行房屋拆迁。有关部门和村里的领导要求我亲戚自行拆掉后来加建的一层楼，不然就强行拆除，我亲戚不愿意就和村里领导一直僵持。我亲戚希望后来加建的一层楼也得到赔偿，然而村里的领导只对原来有房产证的两层楼进行赔偿。主要是后来再建的一层楼没有房产证也没有有关证明，究竟算不算违章建筑？房主希望得到赔偿，如果房主不自行拆除后来再建的那一层楼，有什么后果？究竟怎么做才是最有利于房主的结果？