房屋共有问题

甲乙丙三人为亲兄弟。2003年甲乙两人共同出资在长沙市按揭购买了一房产，按揭年限为15年。当时因为某种原因房产证上只写了乙方的名字，后在丙的作证下，甲乙双方手写了一份房屋共有产权协议，协议写明：甲方占该房屋产权的60%，乙方占40%。同样房屋按揭也是按这个比例支付。由甲乙丙三方手写签名，协议一式三份。请问像这样的情况，如果产生法律纠纷的话，此份房屋共有协议是否具有法律效力呢？甲方现在应该采取什么措施保护自己的权利呢？
补充提问：
因为房屋是按揭，所以还未取得房产证正本，只有复印件，在按揭未付清之前好像是不能申请改变房屋产权的，在这种情况下，甲方应该如何预防未来因此会产生的法律纠纷呢？目前乙方仗着自己是房主私自出租房屋。除了诉讼，有没有更好的解决方式呢？