高校教师被自动离职

我是一名高校青年教师，国家干部编制。3年前我申请在职到国外读博，与学校签了一份3年内完成学业，返校工作的协议。但我目前仍未完成毕业论文，无法按期返校工作，我试图要求延长在职读博的期限，遭到单位反对，并声称要对我按自动离职处理。我们学校今年5月份实施了全员聘任改革。由于我不在学校，没有参与。

请问他们将我按自动离职处理是否妥当？我是否仍属于旧的人事体制之下？如果是，我的国家干部编制是否允许他们这样将我按离职处理？我以前的工龄、公积金等待遇，到了新单位是否可以延续？请给我写具体的建议。谢谢您的帮助！