劳动法 有关公司私定的培训协议

最近遇到关于离职的困难，恳请知道的给个建议！十分感谢！！
从7月9日提出辞职，7月20号做好交接工作到现在已经两个多月的时间了，公司才通知过去总部办离职手续，之前催过几次都说领导不在不给签字，而现在竟然还要求要先到办事处办好最后一道手续（本来办事处的手续已经都办好了），这道手续源于6月8日参加的一次为期两天的培训，至今已经过去三个多月的时间了，让我过去签这个培训协议，上面写着要赔五千元，不赔的话总部那边的手续没法继续办！在参加那个培训的时候，公司什么都没说，什么协议都没签过的，现在我都离职两个月了竟然让我回去签，问理由，说是公司规定的，所有培训都要钱的。。很无奈。。
然而，把办事处的赔了办好之后，去到济南办离职证明也要赔钱，赔四千，这是因为在参加工作前参与了一个为期大概10天不到的培训（好多时间都是自习。。），在培训中途让我们签了一个协议，上面规定为工作满三年就要赔的。赔多少视工作时间长短来算，我工作了一年，按规定是赔四千。
本来想既然当时自己签了这个协议那也没办法了，就赔吧。谁知道现在又多了办事处的五千！！刚出来工作，实在没钱。。

下面再交代几个问题：
1。该公司经常拖欠工资，刚开始当月的工资是等到下个月底才发的，而很快就又变成是下下个月初或者甚至月中才发放。
2。该公司的过节费春节费等，都是过了半年以后才开始发放，而且是分月发，每月几百，之前辞了的人根本就没有得发了。
3。所有辞职的人，工资都只发到离职的前一个月，除非你刚好在当月的最后一天离职，后面无论交接工作做了多久，什么都没有。而且最气人的是，离职的人的工资也要等着和在职员工的工资一起发，也就是起码拖一个多月，甚至还不止。（这些之前都选择忍，现在竟然还要签不平等协议！）



像这样的公司可以告吗？去它的总部所在处的劳动局吗？要怎么告呢？